AndroidのThunderbirdに独自ドメインのメールアドレスを設定し送受信を確認したが、Thunderbirdを開かないと新着メールの通知がこなかった。
結論として、受信トレイ単位の通知・Push設定が必要だった。
メニュー>対象アカウント>フォルダーを管理>受信トレイで「Push」を有効化で直った。